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基于中國人群的肺結核易感性關聯(lián)研究成果近日由天昊生物客戶發(fā)表在《Scientific Reports》期刊上。天昊小伙伴們感謝成都華西醫(yī)院研究團隊對天昊生物iMLDR® SNP分型專利技術的認可。

這種專利技術助力客戶獲得研究成果的熱浪，小編覺得可以多來幾波~~

文章簡介

標題：Pathway Analyses Identify NovelVariants in the WNT SignalingPathway Associated with
Tuberculosis in Chinese Population

期刊名稱：Scientific Reports

發(fā)表時間：2016年7月23號

研究背景

• 疾病類型：中國人群肺結核疾?。?/span>Tuberculosis，TB）

• 該病核心關鍵詞：世界1/3人群感染結核分枝桿菌，但僅有5-10%感染者會進展為肺結核；宿主（人類）的遺傳變異參與決定肺結核易感性；

• 研究亮點：經(jīng)典而又全面的基于通路的復雜疾病關聯(lián)研究。

小編今天不羅列具體實驗結果，我們就關注作者是如果對關聯(lián)研究幾個核心問題進行設計的。

核心內容1—選擇基因

Wnt信號通路是一種在進化中高度保守的信號通路，在個體發(fā)育、穩(wěn)態(tài)過程以及調節(jié)宿主對病原微生物的免疫反應等多種生物學過程中發(fā)揮重要作用。近期研究提示Wnt信號通路參與TB的疾病發(fā)生（如：Wnt/β-連環(huán)蛋白（catenin）信號通路增強引發(fā)結核分枝桿菌感染細胞凋亡，促進促炎因子TNFa和IL6的生成）。本研究選擇了這個通路的7個基因用于后續(xù)研究。

核心內容2—選擇SNP

• 選擇功能區(qū)SNP: 外顯子區(qū)；啟動子區(qū)；非翻譯區(qū)

• 中國北京漢族MAF>0.05

   

核心內容3—樣本設置

第一階段：832例活躍TB患者和1084例年齡性別匹配對照（漢族）

第二階段：480例活躍TB患者和450例齡性別匹配對照（藏族）

TB患者納入標準：涂片/培養(yǎng)/TB-DNA陽性（排除HIV感染者，肺部或其它感染疾病患者，處于免疫抑制狀態(tài)患者

對照納入標準：同時滿足以下條件--健康獻血者；γ干擾素釋放試驗分析技術結果陰性；無TB病史；體檢結果正常

核心內容4—統(tǒng)計方法

• 關聯(lián)分析采用邏輯回歸，基于等位基因頻率差異和3種遺傳模型（加性，顯性，隱性）

• 矯正年齡，性別，BMI協(xié)變量

• Bonferroni多重矯正

• 單倍型關聯(lián)分析

• GMDR軟件基因-基因互作分析

核心內容5—獲得陽性位點

• CTNNB1 基因中三個SNPs (rs9859392, rs9870255，rs3864004)的關聯(lián)結果在兩階段樣本中獲得驗證。并且陽性結果來源于加性和顯性模型。

核心內容6—功能驗證

• 探討第一階段6個陽性SNP與所在基因表達水平關聯(lián)性（50例患者，29例對照）

  主要關注點：基因在患者/對照樣本中有表達差異嗎？3個SNP與該基因表達水平存在相關性嗎？（在79例總樣本里相關，還是僅在50例患者樣本中存在相關）

• 探討CTNNB1基因上3個陽性SNP對該基因轉錄水平的影響----基于luciferase報告基因檢測

• 探討CTNNB1基因上3個陽性SNP對該基因蛋白水平的影響（16例TB患者，健康對照）

結論：好文章離不開創(chuàng)新或者精巧的研究思路。經(jīng)典關聯(lián)研究做到如此全面細致，值得學習借鑒。